Sobald der Frost nachlässt, erscheinen die ersten Zugvögel. Als Kurzstreckenzieher haben sie in Südeuropa überwintert. Star, Feldlerche, Kiebitz, Drosseln, Finken und viele Wasservögel gehören dazu. Bei Kälteeinbrüchen treten sie notfalls den Rückzug an. Schon den ganzen Winter über sind Kornweihen hier (solange kein Schnee liegt). Abends versammeln sie sich an gemeinsamen Schlafplätzen.
Im Schilf entdeckt man  Blaumeisen, die die Halme nach versteckten Insekten abklopfen - Tiefkühlkost, einwandfrei konserviert! Wenn der Frost nachlässt, hört man  die ersten Wasserrallen. Diese versteckt lebenden Schilfvögel quieken wie kleine Ferkel. Abends kommen die ersten kleinen Starenschwärme zum Schlafen ins Schilf. 
Ist der See offen, sammeln sich Trupps verschiedener Wasservögel auf dem See. 

Im Banngebiet Staudacher kann man gemischte Schwärme verschiedener Vogelarten beobachten: Kohlmeise, Blaumeise, Tannenmeise, Sumpfmeise, Weidenmeise, Kleiber, Baumläufer und Wintergoldhähnchen suchen einträchtig nach Nahrung.

Zurzeit sind immer noch prominente Gäste zu Besuch am Federsee: Kornweihen, seltene Greifvögel, die regelmäßig im Federseeried überwintern. Sie kommen aus dem hohen Norden hier her. Der Federsee ist der bedeutendste Überwinterungsplatz für Kornweihen im südlichen Mitteleuropa. Teilweise bis zu 100 Tiere übernachten an gemeinsamen Schlafplätzen!
Die Männchen sind grau mit schwarzen Flügelspitzen, die Weibchen und Jungtiere braun. Beide sind an ihrem typischen weißen Bürzel leicht zu erkennen.

Ein guter Beobachtungsstandort ist der Aussichtsturm des Federseestegs - häufig liegt ein Schlafplatz nur einige Hundert Meter südöstlich davon. Ein weiterer Schlafplatz liegt häufig in einer renaturierten Fläche im südlichen Federseeried. Dort wurden vor rund 20 Jahren im Rahmen eines EU-Förderprojektes wieder ausreichend hohe Moorwasserstände geschaffen. 

Im Herbst und Winter kann man am Federsee häufig größere Mengen schneeweißer Reiher beobachten: Silberreiher. Sie haben etwa die Größe eines Graureihers, sind aber schlanker und haben einen besonders langen Hals. Ihre reinweiße Farbe macht sie unverwechselbar.
Silberreiher sind keine Brutvögel am Federsee, jedoch im Winter und besonders zu den Zugzeiten regelmäßige Gäste. Sie übernachten an gemeinsamen Schlafplätzen.

Nachdem der exotische Vogel Anfang des 20. Jahrhunderts in seinen südosteuropäischen Brutgebieten fast ausgerottet war, sind die Bestände dank intensiver Schutzbemühungen wieder gewachsen und sorgen für eine Zunahme rastender und überwinternder Silberreiher im gesamten Mitteleuropa. 

Nachdem er jahrzehntelang nur als seltener Gast auftauchte, gehört der Kormoran heute wieder zu den regelmäßigen Durchzüglern und Überwinterern am Federsee. Im September erscheinen die Kormorane aus ihren Brutgebieten. Bis Ende April sind sie dann vor allem auf den im Winter verwaisten Brutflößen der Fluss-seeschwalben zu sehen, wo sie nach Tauchgängen ihr Gefieder trocknen. Hier finden sie Ruhe und Schutz. Sie ernähren sich von den zahlreichen Kleinfischen des Sees.  Allabendlich verlassen sie den Federsee, um an der Donau einen gemeinsamen Schlafplatz aufzusuchen.

Einer der auffälligsten Vögel am winterlichen Federsee ist der Gänsesäger. Oft kann man ihn inmitten von Enten beobachten – Gänsesäger sind recht gesellig. Im Winter halten sie sich bevorzugt an fischreichen Seen auf. Ihre Hauptbrutgebiete liegen in der nordischen Taiga.
Die Männchen sind auffallend hübsch: der Körper überwiegend weiß mit einem zarten rötlichen Anflug auf der Unterseite, Kopf und Hals dagegen leuchtend schwarzgrün, die Schultern schwarz. Die Weibchen sind aschgrau mit rotbraunem Hals und Kopf.
Von Enten unterscheiden sie sich durch ihre schlankere Gestalt und den dünnen geraden Schnabel. Dieser ist vorne zu einem Haken gebogen und hat an den Seiten kleine Sägezähnchen - eine Anpassung an die Fischjagd! Friert der Federsee zu, finden Gänsesäger hier keine Nahrung mehr und weichen auf offene Seen aus. 

In den Naturwäldern rund um den Federsee kann man viele Spechthöhlen entdecken. Wo Totholz nicht entfernt wird, finden die gefiederten Zimmerleute einen optimalen Lebensraum. Daher sind am Federsee verschiedene Spechtarten heimisch, z.B. Buntspecht, Schwarzspecht, Grünspecht und Grauspecht. Am häufigsten ist der Buntspecht. Im Sommer frisst er Insekten wie Ameisen, Blattläuse und Käferlarven sowie Spinnen. Vier Zentimeter weit kann er seine borstige Zunge hervor strecken und die Beute wie mit einer Harpunenspitze aufspießen. Im Winter frisst er vor allem Samen.
Mehr als jede andere Vogelart sind Spechte auf Holz angewiesen: Im Holz lebt ihre Nahrung, sie legen dort Vorratskammern, Schlafhöhlen und Kinderstuben an und verständigen sich per Holztelefon: Durch Klopf- und Trommelsignale. Ihre Bruthöhlen zimmern sie in stammfaulen Bäumen. Da Spechte jedes Jahr mehrere Höhlen bauen, sind sie die „sozialen Wohnungsbauer“ des Waldes. Verlassene oder halb fertige Spechthöhlen finden schnell dankbare Nachmieter: Meisen, Kleiber, Eulen, Hohltauben, Siebenschläfer, Wildbienen und Fledermäuse.